EBM wprowadzono w Polsce pod koniec lat 90. dzięki warsztatom prowadzonym przez Prof. Romana Jaeschke i Prof. Gordona Guyatta z McMaster University (Hamilton, Ontario, Canada). Koncepcje te wspierała i popularyzowała Medycyna Praktyczna (Wydawnictwo) oraz Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia (CMJ). Związana z tym działalność obejmowała prowadzenie kursów EBM dla lekarzy i innych przedstawicieli opieki zdrowotnej, publikację polskiej wersji „Users’ guide to the medical literature” (przygotowanej przez Prof. Romana Jaeschke, Prof. Deborah Cook oraz Prof. Gordona Guyatta), jak również promowanie wykorzystywania w codziennej praktyce wyników badań klinicznych oraz przeglądów systematycznych. Wspierano również przygotowywanie wytycznych praktyki klinicznej i raportów dotyczących oceny technologii medycznych (HTA) jako elementów składowych podejścia opartego na EBM. Kilku pracowników zespołu EBM w CMJ uczestniczyło w warsztatach w Nordic Centre w Kopenhadze dotyczących ręcznego przeszukiwania. Niedługo po tym, CMJ stało się Centrum stowarzyszonym z Nordic Cochrane Centre i dr hab. Małgorzata Bała zaczęła pełnić rolę osoby do kontaktu w Polsce. Działania związane ze stowarzyszeniem się CMJ z Nordic Cochrane Centre obejmowały: ręczne przeszukiwanie czasopism medycznych, które nie były zindeksowane w Medline, tłumaczenie broszury Cochrane oraz przygotowywanie tłumaczeń dla autorów Cochrane. Kilka artykułów dotyczących Cochrane Collaboration zostało opublikowanych w polskich czasopismach medycznych.

Klimat dla upowszechniania EBM i HTA w Polsce się zmienił i powstała Agencja Oceny Technologii Medycznych (AOTM) oraz opracowano wytyczne dotyczące przygotowywania raportów HTA (które są również zgodne z zasadami EBM). W 2007 roku AOTM we współpracy z Ministrem Zdrowia umożliwiła krajowy dostęp do Biblioteki Cochrane dla wszystkich lekarzy obywateli oraz zorganizowała konkurs na najlepszy opis wykorzystania przeglądów systematycznych Cochrane w codziennej praktyce. Dostęp do Cochrane Library finansowano przez dwa lata. Następnie przerwano to finansowanie z powodu problemów z pozyskiwaniem środków na ten cel.

Medycyna Praktyczna powołała zespół EBM, który bardzo aktywnie wdrażał idee EBM w Polsce. Związana z tym działalność obejmowała kursy EBM, publikacje podręczników EBM, przygotowywanie strukturalnych streszczeń istotnych klinicznie badań i przeglądów systematycznych, jak również opracowywanie wytycznych praktyki klinicznej. Niektórzy członkowie tamtego zespołu EBM stanowią trzon Polskiej Filii Nordic Cochrane Centre – jako pracownicy/współpracownicy oraz członkowie Rady Doradczej.

Niektórzy członkowie zespołu EBM odegrali znaczącą rolę we włączeniu podstaw EBM do programu nauczania studiów medycznych w Polsce. Tak więc w 2004 roku w Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego włączono EBM do programu nauczania na kierunku lekarskim (początkowo jako zajęcia fakultatywne, obecnie mające status obowiązkowych). W 2005 roku w Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego utworzono Pracownię Podejmowania Decyzji Klinicznych (pracownia EBM) w ramach II Katedry Chorób Wewnętrznych (kierownik: Prof. dr hab. n. med. Anetta Undas), w której prowadzone są zajęcia z EBM oraz przygotowywane przeglądy systematyczne. Od tamtej pory, członkowie zespołu prowadząc zajęcia z EBM w Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego aktywnie budują świadomość przyszłych lekarzy w zakresie EBM.

Wreszcie zaangażowano społeczność osób posiadających doświadczenie w zakresie EBM w Krakowie w opracowywanie wytycznych praktyki klinicznej oraz przeglądów systematycznych (w tym przeglądów Cochrane), rozwijając równocześnie sieć naukowo-badawczą w Polsce i zagranicą.